متابولیتهای ثانویه ترکیبات آلی هستند که مستقیماً در مراحل رشد و نمو یا تولید مثل یک ارگانیسم زنده شرکت نمیکنند. در طی سالیان طولانی، بشریت از این ویژگی در گیاهان دارویی در صنایع مختلفی همچون صنعتی، دارویی، بهداشتی و … بهره جسته است. برخلاف متابولیتهای اولیه، همچون کربوهیدارتها، پروتئینها و اسیدهای نوکلئیک، نبود متابولیتهای ثانویه به مرگ فوری موجود منجر نمیشود، اما ممکن است در دراز مدت سبب اختلال در بقای موجود زنده، باروری یا ویژگیهای ظاهری آن گردد یا ممکن است هیچ تغییر مشهودی را سبب نشود. این ترکیبات غالباً نقش مهمی را در سیستم دفاعی گیاهان در مقابل گیاهخواری و دیگر سیستمهای دفاعی بین گونهها بازی میکنند. از آنجا که گیاهان متحرک نیستند، با درجه زیادی از انعطاف پذیری فیزیولوژیکی برای انطباق با شرایط خارجی در حال نوسان تکامل یافتهاند. علاوه بر این، بسیاری از گونههای گیاهی برای تولیدمثل جنسی و پراکندگی بذر به حیوانات وابسته میباشند. از جمله پاسخ-های تطبیقی گیاهان به تنشهای محیطی، توانایی سنتز انواع زیادی از این نوع ترکیبات شیمیایی میباشد