یکی از سیاست های حمایتی مهم از تولید کنندگان، حمایت یارانه ای از نهاده ها و یکی از متغیرهای مهم اقتصاد، بهبود بهره وری است. از این رو، در پژوهش حاضر علاوه بر ارزیابی سیاست های حمایتی از تولید کنندگان و سیاست حمایت یارانه ای از نهاده ها (با استفاده از شاخص های BP، MPS و PSE)، اثر سیاست حمایت یارانه ای از نهاده ها بر بهره وری بخش کشاورزی (با استفاده از روش رگرسیونی OLS) طی سال های 1368-1388 (برنامه اول تا چهارم) بررسی شد. نتایج نشان داد که اثر سیاست حمایت یارانه ای از نهاده ها بر بهره وری کل عوامل تولید در کوتاه مدت منفی و برابر 59% است اما در بلندمدت برابر 023/0 و معنی دار می باشد. اثر متغیر تحقیقات، آموزش و ترویج در کوتاه مدت 015/0 و در بلند مدت 205/0 به دست آمد. بنابراین به نظر می رسد حمایت یارانه ای از نهاده ها در کنار حمایت از طریق تحقیقات، آموزش و ترویج می تواند در بلندمدت آثار زیادی بر بهبود بهره وری کل عوامل تولید بخش کشاورزی داشته باشد.